研究表明很多微藻可以产生植物激素, 而且高等植物的激素生物合成路径起源于微藻。蓝藻产生的植物激素主要是生长素和细胞分裂素, 比较多的研究关注的是生长素, 特别是吲哚乙酸(IAA)。
Boopathi等研究发现在红树植物根部定殖的固氮蓝藻—席藻可以生产IAA, 提高盐度可使IAA产量升高。用该藻的培养液处理可使烟草种子萌发率提高40%, 并诱导烟草愈伤组织产生多重根。蓝藻具有调节其L-色氨酸依赖型生长素生物合成的能力。
1.蓝藻植物激素
（1）稻田放养固氮蓝藻不但能为作物提供氮素和有机质、提高磷酸盐溶解度、减少水土污染，还能向作物根部供氧、分泌植物激素及抑制杂草生长等，起到维持生态平衡和促进农业可持续发展的目的，特别是在全球变暖和农业面源污染严重的今天，可固氮固碳的蓝藻在农业生产和生态环境保护中的价值愈加凸显。随着蓝藻固氮农业应用基础研究的发展， 其在农业生产中的应用潜力正在得到更全面和深入的认识。同时，固氮蓝藻在农业环境污染修复、农业病虫害防治。
（2）蓝藻分泌的激素(细胞分裂素和生长素)与植物生长参数如芽长、根长、穗长和种子重量之间存在正相关关系，植物中植物激素水平的增加可能是根际的蓝藻与植物相互作用的结果。胞外多糖是由微藻通过光合作用及代谢合成的另一种生物活性物质。
2.植物激素的作用
（1）提高作物营养效率生物刺激剂能够促进叶绿素的形成，提高光合作用效率；可以提高酶的活性，激活作物的二次新陈代谢；会增强作物对营养元素的吸收利用，大幅度提高肥料（农药）有效成分利用率；能促进土壤养分的活化，增加土壤中的有效养分供给。
（2）调控作物生长发育生物刺激剂可以有效调控农作物的营养生长与生殖生长。例如，促进根系生长、茎叶生长，以及花、果实、种子的生长发育；增加雌花，调节花期；抑制过度营养生长，减少花果脱落、裂果、畸形果，具有保果、增果、靓果作用。
（3）提高农产品品质大量应用实践证明，应用生物刺激剂可以大幅度提高农产品的品质。例如，提高外观品质（市场品质），使农产品形状整齐、外观好看；提高营养品质，如蛋白质含量、维生素含量、茶多酚含量、糖含量、油含量等；提高加工品质，如出米率、出油率、出糖率等；提高安全品质，主要是减少有毒有害物质残留。
（4）诱发产生抗胁迫机制应用生物刺激剂可以诱导作物产生对抗不良环境胁迫的作用机制，提高对生物胁迫、非生物胁迫的抵抗能力。也就是说，生物刺激剂可以增强农作物的抗病虫害能力、抗干旱洪涝能力和抗低温、高温能力。从而大大减少农药及有关费用的投入，实现农业生产绿色、安全。
（5）有效治理修复土壤退化与污染应用生物刺激剂配制的各种土壤调理剂，例如酸性土壤调理剂、碱性土壤调理剂、防治地下害虫土壤调理剂、防治土传病害土壤调理剂等，对土壤的酸化、盐渍化、板结、有机质缺乏以及重金属污染等均有很好的改善效果。