1.化肥超标危害
我国化肥产业发展迅速，化学肥料虽然促进了农业的发展取得了高效益，但化学肥料的过度施用也造成了环境的污染，给土地带来了巨大的危害，同时也影响了人类的身体健康。随着化肥的长时间的使用，土壤中积累了大量的化肥酸根，它们会固定土壤中的一些元素如钾、钙等，形成不易分解的物质，最后导致土壤板结、土质变差，严重影响了植株在土壤中的生长环境，还会使植株失去抗病能力，病虫害发生普遍。
2.氮肥过量
其中，氮肥施用过多会导致土壤中硝酸盐大量淋失，对地下水造成污染；还会使土壤理化性质变差，土壤酸化严重。也有研究表明，施用氮肥过量也会引起植株的病虫害。研究发现，在红壤中长期施用氮肥，会加速红壤酸化，导致土壤 pH 下降，作物的产量逐年下降。根据水稻的盆栽试验表明，用pH 值为 3.5~6的水进行浇灌时，随着pH 值降低，水稻穗粒数、结实率和产量均受到影响。酸性土会抑制土壤中的硝化、亚硝化细菌的活动，从而影响植株对土壤中有效氮的利用。
3.磷肥过量
土壤中有效磷的利用也有一定的影响。磷肥对于土壤的污染也很大，磷肥是由磷矿石制成，而磷矿石中含有的有害物质铁和砷会对植株产生毒害，长期以往，植株无法生长。磷矿石还含有镉，镉施入土壤后，不易移动和淋失，微生物也难以分解，在土壤中大量积累引起重金属污染和影响人们的身体健康。化学在土壤中长期以往的使用，还会造成土壤的严重酸化。例如过磷酸钙、硫酸铵和氯化钾等都属于酸性肥料，植株吸收利用后土壤中仅剩氢离子，大量累积最后导致土壤酸化。
4.化肥引起的土壤酸化
化肥的过量使用会影响环境。由于农田大量化肥的使用，许多硝酸盐渗入土壤和河流中，污染了土层，使饮用水中的硝酸盐含量增高，进入人体中产生癌变，严重影响了人类的身体健康。土壤酸化后，最明显的特征就是会引起土壤板结，土质变硬，土壤结构变差，使植株根系在土壤中的伸展过程中受阻，导致植株不能正常生长。
在植株生长发育过程中，还需要微量元素如铁、锰和铝等，土壤酸化以后，这些微量元素增多以至于对植株产生毒害。当植株受到铝的毒害时，根系生长受到抑制，根部变硬且根系较短。土壤酸化也会使土壤中锰活性加强，土壤中锰本来移动性差，但在土壤酸化严重的地区，会提高锰活性，使其在土壤中移动速度加快，植株根系吸收以后日积月累，导致植株产生锰的毒害如苹果树发芽晚、树干产生病瘤、果个小和着色差等症状，土壤酸化以后，植株地上部也会有明显的表现，如植株生长缓慢、叶片小而黄和产量降低等。
5.对土壤微生物的影响
土壤酸化也会使土壤中的微生物数量减少，影响微生物的活动。土壤中存在着的有益微生物适合在中性土中大量活动，对作物的生长发育起着重要的作用。随着土壤的酸化，影响了土壤中的有机物质和营养物质的转化，降低了作物的产量。研究表明，随着果园种植年份的增加，土壤酸化的程度不断加重，土壤中的微生物活动受到制约。土壤酸化也会使土壤中的微生物数量减少，影响微生物的活动。土壤中存在着的有益微生物适合在中性土中大量活动，对作物的生长发育起着重要的作用。随着土壤的酸化，影响了土壤中的有机物质和营养物质的转化，降低了作物的产量。研究表明，随着果园种植年份的增加，土壤酸化的程度不断加重，土壤中的微生物活动受到制约。
土壤酸化还会引起土传病原微生物。一般情况下，病原微生物不容易滋生，但随着果园年复一年的种植，土壤酸化的程度不断加重，土壤中微生物的数量大量减少致使大量病原菌生长其主要原因是由于，土壤中大量病原菌聚集，而导致土传病害，植物中病虫害严重，影响作物生长、产量降低。
经过调查发现，pH值较低的一些果园，长势差，烂、死根，烂、死枝多，腐烂病、粗皮病等病害严重，果园大面积死亡现象也时有发生。土壤酸化后，影响植株根系的生长和发育，尤其是根腐病现象严重发生，使根系功能衰退，植株就不能从土壤中吸收足够的营养，导致果园整体品质变差，影响了果园效益。果园的病毒花叶病、花脸病等就是由于土壤酸化后根系腐烂，导致树势衰弱使果树易感染病毒病。土壤酸化也会使加重果园枯痘病的发生，酸化后的土壤钙离子流失严重，引起苹果上枯痘病的发生，还会引起大樱桃裂口和西红柿的脐腐病。在菜田中，由于长期大面积施用酸性肥料如氮肥，土壤酸化严重，在酸性土中生长的白菜，干烧心病现象严重。土壤 pH 值过低，不利于微生物活动，影响蔬菜根系生长和对养分的吸收；使土壤中的有毒物质加速溶解，对蔬菜产生毒害；还会与蔬菜吸收的阳离子拮抗。