现在人们比较广泛地认为土壤的藻类是土壤微生物，主要因为作为土壤微生物的组成部分，藻类起到植物营养贮藏的作用；土壤藻类是影响土壤结构和其它生物活性的生物 ; 通过光合和固氮作用，土壤藻类能将碳 、氮结合为有机形式，使之进入生物圈。
土壤藻类生存条件
一、营养
土壤藻类的营养方式有光能自养 、 光能异养、 化能异养等几种类型 , 其中光能自养型的营养方式是大多数土壤藻类都具有的，即利用阳光作为能源从无机物制造它们需要的全部有机物质。大多数蓝藻是兼性光能异养的，许多硅藻在实验室培中也能光能异养或者化能异养。根据 OBlD及其同事和学生在 60-70 年代经过 20多年研究的结果 , 可以看出土壤藻类中 40- 50 % 的绿藻和黄藻能进行化能异养。这类结果意味着一种可能在土壤表面之下进行有限生长 的潜在能 力。
二、光照
光质和光周期是影响生长与分化的因素。鱼腥藻与念珠藻等的异形胞分化取决于光照条件。异形胞的分化与异形胞的比例受光照周期和光照强度的影响 , 另一方面 , 光在真核土壤藻类的动抱子发生和有性结合中起重要作用。可见光谱外的照射对土壤藻类的影响不是很大。总的来说土壤藻类比其它土壤微生物抗紫外辐射的能力更强些 。
三、水分
土壤藻类对水供应的适应很广。世界上冷的、热的沙漠, 气生基质上 , 都有各种土壤藻类种群 。在无水的极端条件下 , 土壤藻类能以其休眠状态数十年不死地残存下来 ,蓝藻在这方面更突出 。它们也能象地衣那样利用气态水来保持代谢机能。土壤藻类的抗干旱与它们的其它适应性是相关的。在土壤水分供应较好的情况下 , 土壤藻类在土壤持水量 40-60 % 时最丰富 , 蓝藻的固氮活性则在土壤持水量 80-100 %时最高。
四、温度
土壤藻类极抗低温 , 蓝藻的一些种类能在零下192 – 195 ℃ 低温下残存 , 有一些种类在实验室条件下能在 – 30 ℃ 缓慢光合 , 在 冰冻的土壤上可以观察到蓝藻有代谢活性的个体。土壤藻类对高温的忍受能力在干燥条件下较好。真核 种类在潮湿条件下只能忍受30-50 ℃的程度 , 蓝藻的耐高温能力比较大。冻融周期和温度变化的速度对土壤藻类的生存有影响 , 但总的看，土壤藻类在一定范围内是较能适应温度变化的。
五、pH
中性和碱性土壤更有利于蓝藻的发生，绿藻和黄藻群落在大多数 酸性土壤上占优势 。不过也有少数报道称在酸性森林土壤和苗床上 , 蓝藻是 优势群落 。 硅藻的优势是由营养状况等因素与 p H 结合起来决定的 , 这类藻在碱性或酸性土 壤上占优势的报道都有。土壤石灰化不仅能增加藻类的总数也能提高蓝藻在土壤微生物区系中所占的比例 。许多蓝藻及若干绿藻和红藻能忍受高离子强度。