有机质是土壤的重要组成部分，不同土壤中有机质的含量差异很大，从0.5%到20%不等。土壤学中通常将耕层含有机质20%以上的土壤称为有机质土壤，含有机质20%以下的土壤称为矿质土壤。我国土壤的有机质含量通常在5%以下，东北地区有一定数量土壤有机质含量为5%以上，华北、西北地区大部分低于1%，华中、华南地区一般为1.5%-3.5%。
一、土壤有机质的来源
土壤有机质主要来源为土壤中各种动植物残体，微生物体及其分解和合成的有机物质。在土壤形成过程中，微生物是最早出现的，随着生物的进化发展，动植物残体成为土壤有机质的基本来源。
在自然土壤向耕作土壤转变的过程中，进行种植活动，使用各种有机肥料后，土壤有机质的来源也在不断的扩大，除动植物残体和排泄物外，还包括了微生物制品、工农业废水、废渣中的有机物等。
作为土壤有机质主要来源的动植物残体，其化学组分因种类不同而各不相同，植物残体主要包含碳水化合物（如单糖、多糖、淀粉、纤维素、果胶等），木质素，含氮化合物（主要为蛋白质），脂溶性物质（如树脂、蜡质等），主要元素为碳、氧、氢、氮、磷、钾、钙、镁、硅、铁、锌、铜、硼、钼、锰等。动物残体的物质差异在不含木质素、树脂等物质，但含有脂肪和含氮化合物等。土壤有机质通常与矿质土粒混合或溶解于土壤溶液中，或以生命体的形式存在于土壤中，其中大部分有机质与土壤中的无机成分结合在一起，形成有-无机复合体。
二、土壤有机质的转化
动植物残体进入土壤后，通过微生物的分解作用，将其分解为简单化合物，释放出矿质养料；通过腐质化过程使之形成复杂的腐殖质。土壤有机质的矿化作用主要是通过微生物酶来完成的，不同环境条件下微生物的分解速率和分解产物各不相同，其主要影响因素包括土壤温度、湿度、通气状况及pH值等。
以植物残体为例，大体呈现以下特点。
糖类：简单糖类、淀粉、纤维素、半纤维素等多糖化合物。多糖类通常在酶的作用下，水解为单糖，再由单糖进一步分解为更简单的物质。环境条件良好时，分解速率高，最后分解产物为二氧化碳和水；极端厌气条件下，则会生成甲烷、氢气等简单的还原性物质；半厌气条件下，通常会形成有机酸等中间产物。
树脂、蜡质等：通常较难分解，一般情况下分解很慢且不彻底。
木质素：不同植物的木质素化学组分不尽相同，其自身不易分解，还会使蛋白质、多糖类不易分解。环境条件良好时，通过真菌和放线菌的作用，氧化和脱水后进行缓慢的分解；厌气条件下，木质素分解极慢，通常沼泽泥炭地的木质素含量很高。
含氮有机化合物：蛋白质和缩氨酸一类的化合物。此类化合物通常易分解，在蛋白酶的作用下，逐步降解产生氨基酸。
一系列的矿化作用会为微生物提供能量和营养物质，同时释放出有机化合物中的矿质营养元素，改变某些有机物的结构特征和组成。
3.土壤有机质转化的影响因素
（1）土壤湿度和通气状况
在湿润度适宜且通气良好的土壤中，有机质进行好气分解，分解速度快且分解完全，矿化率高，中间产物积累少，所释放出的矿物养料多且为氧化状态，有利于植物吸收利用，无毒害影响，但不利于土壤有机质的积累和保存。反之，有机质分解速度慢，分解不完全，矿化率第，中间产物积累多，一定浓度下会对作物生长产生毒害影响，但有利于土壤有机质的积累和保存。
（2）土壤温度
土壤有机质转化最适宜温度为25-35℃，当温度高于45℃时，微生物活动会受到抑制，影响土壤有机质的转化，超过50℃时，部分有机物会发生氧化分解作用或挥发。
（3）土壤酸碱度
各种微生物都有其适应及最适的pH范围，在农业生产中，中和过酸或过碱的土壤，均有利于有机质的矿化。
（4）有机质的物理特性
有机物的碳氮比对其分解速度有显著影响，进入土壤的有机质碳氮比大于25:1-30:1，由于其氮素含量相对不足，会造成分解缓慢且会造成微生物和作物争夺土壤中原有的有效氮而不利于作物的生长。此外，碳氮比大的有机质，不仅矿化作用慢，且形成腐殖酸的相对比例也小，但土壤生态系统的自调节作用会使碳氮比最终趋于平衡稳定。